休年假扣全勤奖不合法。年休假是国家规定的，公司必须遵照执行。年休假是有薪假，与出勤是同一道理。没有超出年休假的休假时间且除年休假外没有任何休假的，属于全勤。
《职工带薪年休假条例》
第二条
机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假（以下简称年休假）。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
《职工带薪年休假条例》
第三条
职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；
已满10年不满20年的，年休假10天；
已满20年的，年休假15天。国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。
《职工带薪年休假条例》
第五条
单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，可以跨1个年度安排。单位确因工作需要不能安排职工休年休假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年休假。对职工应休未休的年休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬。