中国沿海各省，自浙洋而北，海滨淤沙多而岛屿少，其海岸径直，故防务重在江海总口，而略于海岸。自浙洋而南，岛屿多而淤沙少，其海岸曲折，故防务既重海口，对巨岛和海岸也并加重视。福建海防，从北起，福州重在闽江口，琅崎岛(今福建长乐东北)、金牌、五花门(今福建福州市东南50公里海中，正当闽江口)，皆海防要地。以南海坛岛(今福建平潭岛)为水师重镇所在。兴化府(今福建莆田)重在海滨诸岛，平海(今福建莆田东南海滨)、南日岛，列汛置官，视为重地。泉州重在金门、厦门二岛，远控台、澎，近卫泉、漳，为海防重地。
顺治十七年(1660)，为防卫泉、漳，屯兵于镇海(今福建漳州市东南海滨)、高浦(今福建同安县东南)二城。雍正四年(1726)，浙闽总督高其倬操练沿海水师，巡视闽省各海口。嘉庆四年(1799)，令闽省水师将商船改造成战船80艘，编为两列，分巡本省沿海。道光二十年(1840)，命邓廷桢招募练勇，严守澎湖。二十二年，令怡良屯兵福州金牌各要口，并在江中沉船布桩。
康熙二十二年(1683)，施琅以水师2万人克台湾，乃置台湾府，戍兵14000人，遂为海外重镇。康熙六十年(1721)，清廷在平朱一贵之乱后，以总兵官镇台湾，副将守澎湖。