奶牛每天用于清洗牛舍、牛体以及其他用具，消耗大量用水，同时也产生了大量的污水。据不完全统计，一个百头奶牛场每天产生的污水达25～30吨，这些污水，如果不经过处理，会污染周围的环境。
奶牛场的污水可以利用人工湿地，通过微生物与水生植物的共生互利作用，使污水净化；也可以通过消毒净化池，使污水得到净化；还可以采用固液分离与理化处理方法，而得以净化利用。固液分离的处理方法，可将分离出的固体物用作有机肥料，而分离出的污水排入沉淀池，沉淀后的污水再排入气化池或混凝剂处理池、酸化池处理，三级池净化处理，最后排入鱼塘让鱼食消化并得到净化。经过这样的处理，可以将水的化学耗氧量从15000毫克/升降到160～200毫克/升。但这种处理工艺流程较长，占地面积大，工程投资费用高。
为了减少和防止奶牛场废水污染，应大力提倡节约用水和循环水再利用。因此，要注意提高奶牛场冲洗水的使用效率，减少干净水进入粪便处理系统，如将来自屋檐和地面的雨水与粪便处理系统分开排泄。
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