一、三者的实质不同：
1、旗舰店的实质：旗舰店一词来自欧美大城市的品牌中心店的名称，其实就是城市中心店或地区中心店。
2、专卖店的实质：指专门经营或授权经营某一主要品牌商品（制造商品牌和中间商品牌）为主的零售业形态。
3、专营店的实质：一般是指专门经营某一类或者某一种品牌商品的商店，它实际上包括了国家行业标准中的专业店、专营店和家居建材商店。
二、三者的特点不同：
1、旗舰店的特点：
（1）权威性。有效肃清假冒伪劣产品，起到以正视听的作用。
（2）身份明确。维护消费者的知情权益。
（3）经营稳定。长期经营不是短期行为，能有效维护自身形象及消费者利益。
（4）值得信赖。能让网购者真正放心购物，明白购物。
（5）成本低，效率高。这是一般网店所具有的特点，作为官方网店效果更明显。
2、专卖店的特点：
（1）选址在繁华商业区、商店街或百货店、购物中心内。
（2）营业面积以著名品牌、大众品牌为主；销售体现量小、质优、高毛利。
（3）专卖店是品牌、形象、文化的窗口，有利于品牌的进一步提升。
（4）能有效贯彻和执行文化及活动方针，有效提高集团的执行力，突破现代企业所普遍面临的管理瓶颈。
（5）专心专业、专卖一类产品或一个品牌，大大增强产品的终端销售能力。
（6）更多的创造顾客购买一类产品或一个品牌的系列产品（专卖+优质产品+星级服务）的机会，提升产品的销量。
3、专营店的特点：
（1）经营商品“专” 由于“专”，使其经营的某类商品品种齐全，技术含量高，能够满足某一市场的特殊需求，专营店的这种优势是其他综合性商店不能比拟的，因此其目标顾客以有目的地选购某类商品的流动顾客为主。
（2）服务方式“活” 专营店经营政策的核心是品种政策、差别化政策。采购方式有各店采购、集中采购、集中与各店采购结合等三种方式，比较重视各店的自主权与灵活性，能够提供针对性的服务，根据顾客特点，为顾客设计生活，指导消费。
（3）资本回收期“短” 拥有鲜明特色的专营店对于目标市场具有很强的吸引力，加之单店投资较小，能够在较短的时间内收回投资，不至于长期负债经营。专业化经营的方式又保证了其拥有忠诚度较高的消费群体，因此，专营店的经营风险也就不大。
三、三者的意义不同：
1、旗舰店的意义：旗舰店不仅仅是一个概念、一个品牌、一种哲学、一套生活方式，旗舰店也应该是形象的旗舰店，用来更好地展示企业品牌形象；还应该是销售的旗舰店，要有好的销售业绩；更应该是管理的旗舰店，可以高效地管理商店（其中包括对员工的管理）。
总之，旗舰店是企业顺应商业发展需要和参与市场竞争的必然产物，是品牌竞争的有力手段，对企业本身有重大意义，对行业发展也能起到绝佳的示范作用。
2、专卖店的意义：专卖店是公司品牌、形象、文化的窗口，有利于公司品牌的进一步提升；能有效贯彻和执行公司文化及活动方针，有效提高集团的执行力，突破现代企业所普遍面临的管理瓶颈；专心专业、专卖公司品牌，大大增强公司产品的终端销售能力。
更多的创造顾客购买公司系列产品（专卖+优质产品+星级服务）的机会，提升公司产品的销量；消费者到专卖店选购产品时，公司有百分之百的销售机会（店内无其他品牌），大大增加了公司产品的成交率。
3、专营店的意义：民族化趋势专营店的个性化再升华一步就是民族化。从我国的专营店，尤其是老字号专营店来看，由表及里，到处都渗透着民族味。
一些文化街有很多经营文化用品的专营店，一代一代传下来，经营的商品是地道的中国文化商品，经营的思想是讲和气生财，并且讲诚信，不欺不诈，服务到位，这也反映了纯粹的中国传统文化。
参考资料来源：百度百科-旗舰店
参考资料来源：百度百科-专营店
参考资料来源：百度百科-专卖店