我公司是甲方,乙方去年2016年11月开来的增值税普通发票,因为普票无法抵扣,未对发票进行任何处理便退回,并要求乙方重新开具增值税专用票。但因为员工问题,退回去的票没能及时到乙方手里,直到17年4月份才给到乙方。乙方财务人员说因为去年年底已报完税上交国库,没办法再用红字发票冲,无法对发票进行处理。请问各位大神,这种情况我们应该如何处理?