法律分析：员工上班迟到被扣工资不合法，但是因劳动者的原因造成公司损失可扣除工资，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：用人单位代扣代缴的个人所得税；用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；其他。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第四十八条 用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行;劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照第八十七条 规定支付赔偿金。