当前，人民群众对食品安全问题高度关注，对食品的安全性和有效性也提出更高要求。现行食品安全监督管理体制，既有重复监管，又有监管“盲点”，不利于责任落实。药品监督管理能力也需要加强。为进一步提高食品药品监督管理水平，有必要推进有关机构和职责整合，对食品药品实行统一监督管理。
方案提出，将食品安全办的职责、食品药品监管局的职责、质检总局的生产环节食品安全监督管理职责、工商总局的流通环节食品安全监督管理职责整合，组建国家食品药品监督管理总局。主要职责是，对生产、流通、消费环节的食品安全和药品的安全性、有效性实施统一监督管理等。将工商行政管理、质量技术监督部门相应的食品安全监督管理队伍和检验检测机构划转食品药品监督管理部门。
为做好食品安全监督管理衔接，明确责任，方案提出，新组国家食品药品监督管理总局负责食品安全风险评估和食品安全标准制定。农业部负责农产品质量安全监督管理。将商务部的生猪定点屠宰监督管理职责划入农业部。
方案的说明指出，改革后，食品药品监督管理部门要转变管理理念，创新管理方式，充分发挥市场机制、行业自律和社会监督作用，建立让生产经营者真正成为食品药品安全第一责任人的有效机制，充实加强基层监管力量，切实落实监管责任，不断提高食品药品安全质量水平。
关于食品药品监督管理局是采用属地管理还是垂直管理的问题，还不确定，但是必定能打破食品安全监管多龙治水的局面。2008年11月10日，国务院办公厅下发《关于调整省级以下食品药品监督管理体制有关问题的通知》，撤销食品药品监督管理机构省级以下的垂直管理，改为由地方政府分级管理。 由此加强了地方对于食品药品监督管理的各部门协调，强调了地方对于食品药品监督管理的责任。并且国务院将从六个方面促进国务院机构转变职能，充分发挥中央和地方两个积极性，通过下放投资审批事项、下放生产经营活动审批事项、减少专项转移支付等措施，更好地发挥地方政府贴近基层、就近管理的优势。所以管理机制需要等待综合设置部门内设机构，严格控制人员编制和领导职数完毕后，才见分晓。
