中华人民共和国成立后，浙东运河经历了数次整治，疏浚航道，同时新增附属设施，以便利运输和灌溉。
在中华人民共和国交通运输部2007年颁布的《全国内河航道与港口布局规划》中，浙东运河-京杭运河是长三角航道网络中的骨干线。 浙东运河的改建提出于1983年，当时，经过局部改建，运河的通行能力仅为40吨。
2002年，针对原有运河堰坝多，通航吨位小，不能应对现代物流需要的缺陷，浙东运河改建工程启动。改建的浙东运河以四级航道（通行500吨级货轮）为标准，西起钱塘江西岸的三堡船闸，依次流经钱塘江、浦阳江、西小江、曹娥江、四十里河、姚江、甬江，在甬江口注入东海。工程共兴建桥梁130余座、船闸8座，并改建沿线铁路、公路、受影响建筑物和通航标志。
2009年9月，工程全部完成，成为中国大陆历史上单项工程投资规模最大的内河改造建设项目。 在完工前的2007年12月，运河已经部分建成通航，杭州段和绍兴段已经成为繁忙的水道。 但宁波段由于姚江上桥梁大都达不到通航要求，改建投资巨大，运河宁波段迟迟未能通航，曾引起中国大陆不少媒体的关注。 2006年，京杭大运河申报世界遗产工作启动。 最初，这一计划仅仅包括隋唐运河和明清运河。在有关专家和媒体的推动下，2008年11月，浙东运河被纳入中国大运河申报世界遗产计划。时任国家文物局局长单霁翔曾经表示，浙东运河加入大运河申遗使得大运河与海上丝绸之路相连，而隋唐大运河的起点洛阳也是陆上丝绸之路的起点，而这形成了“一个必然存在的文化、商品、信息的大的交通、一个大的循环” 。
根据2011年“大运河保护和申遗工作会议”通过的“全国大运河申报世界文化遗产预备名单”，浙东运河主线河道和西兴过塘行及码头、清水闸、永丰库遗址、宁波水则碑、宁波庆安会馆5个遗产点被列入“立即列入项目”。
2014年6月22日，第38届世界遗产大会宣布，中国大运河项目成功入选世界文化遗产名录，成为中国第46个世界遗产项目。 2014年7月7日中午，绍兴市东湖风景区内东湖水是黛青色，水质清澈，鱼翔浅底，游船在湖中荡漾，风景如画。而堤坝另一侧，一墙之隔的浙东古运河则呈黄色，似一条暗黄的带子从清透的东湖边擦身而过。两者反差明显，被网友戏称为“阴阳河”。
