两伊分歧体现在边界问题上。两国对边界线的划分历来就有争执，尤其对阿拉伯界河的划分分歧更深。这条界河长约100公里，河界原以该河伊朗一侧浅水段为界，河流主权属伊拉克，但双方都享有自由航行权。1937年，双方同意霍拉姆沙赫尔和阿巴丹两段共11公里以该河深水线为界。1975年，两伊达成《阿尔及尔协议》，伊拉克同意以阿拉伯河主航道中心线作为两国的新边界，放弃根据1847年和1937年两国的边界条约其对阿拉伯河的主权；伊朗则同意将巴格达东北伊朗境内约300平方公里的土地划给伊拉克。但后来两国仍因边界划分问题产生纠纷。