(1)公司治理机制不够完善。我国商业银行虽然按照国际惯例和现代企业制度的要求，设立了股东大会、董事会、监事会等机构，但在公司治理的有效性上仍然存在很大的缺陷。如股权结构不合理、激励机制不足以及缺乏有效的约束监管机制等。
(2)忽视内部控制模式的建设。目前主要采用目标控制的方法，过多地强调结果的控制模式，忽视了内部控制环境和过程的规范化建设，最终必然会导致长期控制目标的失效。
(3)缺乏有效的风险管理控制机制。一是缺乏一支强有力的风险管理队伍，使得我国商业银行对风险评估只能进行定性和人为可调整的管理方法。二是缺乏必要的风险评估手段。三是计算机风险控制能力较差。
(4)缺乏有效的内部控制标准和规范的评价控制程序。由于对内部控制的成效无法进行反馈和评价，并根据评价结果采取相应的策略，内控系统不能得到持续改进。
(5)内部审计效力不足。内审缺乏计划性，审计周期和频率不合理、内审人员责任心不强，奖惩机制不够明显，最终导致内审的效力不足。