元朝建国，元大都堪选在此，是必然的。元大都由规划家、天文学家、水利家刘秉忠、郭守敬师徒二人会集风水名家共同规划。 风水学对城市的选址讲究山和水。北京山势既定，唯一的缺憾就是水流不够。二人于是引地上、地下两条水脉入京城。地上水，引自号称“天下第一泉”的玉泉山泉水。人工引泉渠流经太平桥--甘水桥--周桥，直入通惠河，因水来自西方的八卦“金”位，故名“金水河”。元大都地下水脉，也是来自玉泉山。此井水甘甜，旱季水位也恒定，后来成为皇宫祭祀“龙泉井神”的圣地。 北京风水格局的内局，更为细致。她严格按照星宿布局，成为“星辰之都”。
中国古代将天空中央分为太微、紫微、天帝三垣。紫微垣为中央之中，是天帝所居处。明朝皇帝将皇宫定名为“紫微宫”（紫禁城之名由此而来）。当时的建筑师把紫禁城中最大的奉天殿（后名太和殿）布置在中央，供皇帝所用。奉天殿、华盖殿（中和殿）、谨身殿（保和殿）象征天阙三垣。三大殿下设三层台阶，象征太微垣下的“三台”星。以上是“前廷”，属阳。以偶阴奇阳的数理，阳区有“前三殿”、“三朝五门”之制，阴区有“六宫六寝”格局。
“后寝”部分属阴，全按紫微垣布局。中央是乾清、坤宁、交泰三宫，左右是东西六宫，总计是十五宫，合于紫微垣十五星之数。而乾清门至丹阶之间，两侧盘龙六个列柱，象征天上河神星至紫微宫之间的阁道六星。午门在前，上置五城楼又称“五凤楼”，为“阳中之阴”。内庭的乾清宫为皇帝寝宫，与皇后坤宁宫相对，在寝区中的乾阳，为“阴中之阳”。太和殿与乾清宫，虽同属阳，但地理有别。太和殿以三层汉白玉高台托起，前广场内明堂壮阔。而乾清宫的前庭院，台基别致，前半为白石勾栏须弥座，后半为青砖台基，形成独特的“阴阳合德”的和合。北京城凸字形平面，外城为阳，设七个城门，为少阳之数。内城为阴，设九个城门，为老阳之数，内老外少，形成内主外从。按八卦易理，老阳、老阴可形成变卦，而少阳，少阴不变，内用九数为“阴中之阳”。内城南墙属乾阳，城门设三个，取象于天。北门则设二，属坤阴，取象于地。皇城中央序列中布置五个门，取象于人。天、地、人三才齐备。全城宛如宇宙缩影。城市形、数匹配，形同涵盖天地的八卦巨阵。 在色彩应用上，也完全反映“五行”思想。宫墙，殿柱用红色，红属火，属光明正大。屋顶用黄色，黄属土、属中央，皇帝必居中。皇宫东部屋顶用绿色，属东方木绿，属春，用于皇子居住。皇城北部的天一门，墙色用黑，北方属水，为黑。所有单体建筑，也因性质不同而选用了不同的颜色，藏书的文渊阁，用黑瓦、黑墙，黑为水，可克火，利于藏书。二层的文渊阁室内，上层为通间一大间，下层分隔为六间，体现“天一生水，地六成之”的《易经》思想。天安门至端门不栽树，意为南方属火。
建筑风水布局，还表现在名称上合于《易经》之理。南端的丽正门，合于离卦的卦辞“日月丽乎天”。顺承门、安贞门在北部后宫，合于坤卦“至哉坤元，万物滋生，乃顺承天”、“安贞之地，应地无疆”。皇帝的乾清宫，皇后的坤宁宫，合于乾、坤之义。不宜加木，木生火，在此不利于森林结构的防灾。
此外，在数理上，也合于易理。易卦阳为九，又以第五爻为“飞龙在天”称得位。皇帝称为“九五之尊”（而尚未即位的称为“潜龙”）。在中轴线上的皇帝用房，都是阔九间，深五间，含九五之数。九龙壁、九龙椅、八十一个门钉（纵九，横九）、大屋顶五条脊、檐角兽饰九个。九龙壁面由270块组成（含九），故宫角楼结构九梁十八柱。为此，明代洪武三十五年又明文规定军民不许九五间数。“九五”为皇帝专用，成为一种规定。故宫内总共房间数为9999.5间，亦隐喻“九五”之意。甚至在建筑细部装饰上，都处处含有风水布局，宫廷古建筑，高低错落，勾心斗角，为化解风水上的煞气，多取太极化解法（而很少用镇压法，反射法的暴逆制法）。如梁、柱之间的雀替，梁枋上的彩画，多以S形曲线表现，此形是太极的阴阳分界线，是太极图形象的抽象简化，是风水学中常用的化煞法，符合“曲生吉，直生煞”的风水观念。故宫广用红色，红主火、主明，符合“光明正大”的寓意，也符合易理和风水原理。 明清北京城也就是今天中华人民共和国的首都北京，是中国六大古都中唯一继承首都地位的城市，集中国都城建设之大成。
明成祖永乐元年（1403年）改北平为北京。永乐四年（1406年）开始筹建北京宫殿城池，永乐十九年（1421年）正月“告成”⑤，历时15年，正式定都北京。明代的北京城也就是元大都城的改建，北墙南缩5里，南墙向南展出2里，成为东西向的长方形。重建了宫城和皇城。嘉靖三十二年（1553年），又修筑外城⑥，仅筑成南侧一面。至此，北京城的基本轮廓已经构成，即宫城、皇城、内城和外城。 宫城即紫禁城，也就是今天北京明清的故宫，位于内城中部偏南地区，周长六里一十六步，南北长960米，东西宽760米，面积0.72平方千米，为南北向的长方形。宫城设置八门，南五门，即承天门（清改为天安门）、端门、午门、左掖门、右掖门，东为东华门，西为西华门，北为玄武门（清改为神武门）。①宫城内压在中轴线上的有七座主要建筑物，以乾清门为分界，分为前后两部分，即前朝后庭。前三殿为奉天殿（嘉靖四十一年改为皇极，清改为太和）、华盖殿（同上改为中极，清改为中和）、谨身殿（同上改为建极，清改为保和），后三殿为乾清宫、交泰殿、坤宁宫。宫城周围有护城河，宽达52米，称为御河（清称筒子河）。清代紫禁城的建筑物多有重建，名称也有变迁，但基本上维持了明代的规模。
皇城在宫城之外，周长十八里有奇，缺其西南角，南北长2.75千米，东西宽2.5千米，面积6.87平方千米。东部为宫城，西部为西苑（元为西御苑），中部为太掖池（即元太液池，增开南海）。皇城有六门，“正南曰大明，东曰东安，西曰西安，北曰北安，大明门东转曰长安左，西转曰长安右”。清改大明门为大清门，北安门为地安门。
内城即元大都城改建而成，周长45里，9门，东西长6.65千米，南北宽5.35千米，面积35.57平方千米。正南为正阳门（即前门），左崇文门，右宣武门；东之南为朝阳门，北为东直门；西之南为阜成门，北为西直门；北之东为安定门，西为德胜门。
嘉靖时筑“重城，包京城之南，转抱东西角楼，长二十八里。门七，正南曰永定，南之左为左安，南之右为右安；东曰广渠，东之北曰东便；西曰广宁（清称广安），西之北曰西便”。今实测东西长7.95千米，南北宽3.1千米，面积24.49平方千米。内、外城面积合计为60.06平方千米，大于明初的南京城，在中国首都中，仅次于唐长安城、北魏洛阳城为第三大城。 居民区仍以坊相称，坊下称铺，或称牌、铺。居民住宅就是典型的四合院。中城区（正阳门里，皇城两边）有9坊，68铺；东城区（崇文门里，街东往北，至城墙并东关外）有5坊，朝阳、东直关外，郑村霸，37牌，199坊；西城区（宣武门里，街西往北，至城墙并西关外）有4坊，河漕西，朝天宫西，阜成、西直关外，20牌，101铺；南城区（正阳、崇文、宣武三门外，新城内外）有8坊，49牌，247铺；北城区（北安门至安定、德胜门里并北关外）有7坊，安定、德胜关外，90铺。全城及附近郊区共有33坊，106牌，705铺。以北安门街和棋盘街（正阳门里）为界，以西属宛平县管辖，以东属大兴县管辖。西城全属宛平，东城全属大兴，中、北、南三城两县分治。其中宛平县有坊13，胡同312条。由此可见，明代北京城西部坊少胡同多，东部恰好相反，坊多胡同少。
明代北京城除设置二县外，还设置与二县地位相当的五城兵马司，名为专理“刑名盗贼”，实际上其行政职能已接近今天的市政机构。中城兵马司在仁寿坊（东安门外东北），东城兵马司在思城坊（东安门外东南），南城兵马司在城外正阳街，西城兵马司在咸宜坊（西安门外西南），北城兵马司在教忠坊（北安门外东北）。
清代时北京的坊、街、巷、胡同多有变迁和易名，但大体沿袭明代规模。其管理除仍置宛平、大兴二县外，则划归八旗驻防。正黄旗居德胜门内，镶黄旗居安定门内，正白旗居东直门内，镶白旗居朝阳门内，正红旗居西直门内，镶红旗居阜成门内，正蓝旗居崇文门内，镶蓝旗居宣武门内，分为左右二翼。 北京的市场沿街道布设，但形成几个主要的市场区。明初的市主要集中在皇城四门、东四牌楼、西四牌楼、钟鼓楼，以及朝阳、安定、西直、阜成、宣武门附近。因为明初为了招商，在上述城门附近修建了民房、店房，称作“廊房”。从廊房的分布可知，商业市场区主要在城的西部。随着社会经济的发展，市场区不断增多，而且地区分布也有变迁。最主要的有正阳门里棋盘街、灯市、城隍庙市、内市和崇文门一带的市场十分繁荣。大明门（皇城南门，清改为大清门）前棋盘街，“百货云集”，由于“府部对列街之左右”，“天下士民工贾各以牒至，云集于斯，肩摩毂击，竟日喧嚣”，一派热闹景象。这显然是位置居中，又接近皇城、宫城和政府军、政机关，来往人多，商业自然繁荣。灯市“在东华门王府街东，崇文街西，互二里许。南北两廛，凡珠玉宝器以逮日用微物，无不悉具。衢中列市棋置，数行相对，俱高楼……市自正月初八日起，至十八日始罢”。在开市之日，“货随队分，人不得顾，车不能旋，阗城溢郭，旁流百廛”，也是热闹异常。清代的“灯市在东华门崇文街，今亦在琉璃厂”，可见，明清两代的灯市也在不断变迁，并非固定在一个地方。东华门外的灯市，今名灯市口（东西向街），琉璃厂在外城，也是一条东西街。以上所说的东华门，应为东安门，因为东安门外才是王府街。城隍庙市在西城西南隅，即今复兴门里以北，“月朔望，念五日，东弼教坊，西逮庙西墀庑，列肆三里。图籍之旧古今，彝鼎之曰商周，匜镜之曰秦汉，书画之曰唐宋，珠宝、象、玉、珍错、绫锦之曰滇、粤、闽、楚、吴、越者集。”证明这里是明清北京城的古董市场，规模宏大，生意兴隆。内市是皇亲贵族购物的市场，位于“禁城（紫禁城）之左（东），过光禄寺（东安门内街北）入内门，自御马监以至西海子一带，皆是。每月初四、十四、二十四三日，俱设场贸易”。也就是说，内市在东安门里，每月有三天的交易时间，多为高档商品，有貂皮、狐皮、平机布、棉花、酒、宝石、金珠、药材、犀象等②。崇文门为里城南墙东边城门，为北京诸城门中征税最多的一处。尤其是万历初年规定，凡进城货物一律“赴崇文门并纳正条船三税”，使崇文门一带也形成一个繁华的市场区③。明清两代，运河进城也只有崇文门一线，水路交通方便，商业自然繁荣。清代时崇文门额征正税银94483两，为各个额征点之冠④，就是典型例证。
西苑位于西华门之外，也就是元代的西御园。“西华门之西，为西苑。榜曰西苑门，入门为太液池。”“自金盛时，即有西苑太液池之称。名迹如琼华岛广寒殿诸胜，历元迄明，苑池之利相沿弗改，然以供游憩而已。”也就是说，西苑是皇帝游乐的场所，殿亭楼阁与太液池交相辉映，景色壮丽。清代进一步开发，并成为皇帝召见王公大臣和接见外宾的地方，像敦叙殿、涵元殿、瀛台、紫光阁等都成为皇帝休息和进行国事活动的场所。太液池也就是今天的北海、中海和南海，南海为明代所开凿。今天北海已经分出，中南海也就是国务院所在地，新华门即南海的宝月楼。
