湖泊是陆地表面天然洼陷中流动缓慢的水体，是因河流及地下水补给而形成的。其化学成分与补给源的化学成分有着密切关系，但二者化学成分可能相差很远。因为湖泊有与河流不同的水文条件及气候条件，湖水流动缓慢而蒸发量大，由于有相对稳定的水体而具有调节性，因此流入和排出的水量，日照和蒸发的强度等因素影响着湖泊水质。如果流入和排出的水量都较大，而且湖水蒸发量相对较小，则湖水可保持低的含盐量，成为淡水湖。如果流入的水量大部或绝大部分被蒸发，则输入的溶解盐在湖水中积累起来，就形成咸水湖以至盐湖。淡水湖在湿润气候区形成，而干旱气候区则形成咸水湖和盐湖。
水库是人工湖泊，一般为淡水，其化学成分与湖泊十分近似。
湖泊水中的基本离子组成具有内陆淡水特点，大多是
由于日光照射和水层静止特点，湖水中生物作用强烈，使生物生长和繁殖有较好的环境，营养元素（P、N、Si）在湖水、生物体中循环，各地的淡水湖泊都有不同程度的富营养化的趋势。
湖水交替缓慢，使溶解气体的分布具有分层性。例如，随着水深的增加，溶解氧的含量降低，CO2的含量增加。在湖水停滞的角落，会形成局部的还原环境，以至湖水中游离氧消失，出现H2S—CH4一类的气体。
湖水水温随不同深度和季节有规律的变化。一些湖泊与水库的化学成分见表4-4。
表4-4 部分湖泊、水库的水质举例（据沈照理等《水文地球化学基础》）
①盐湖水以g/L,mol%为单位