湖泊是由河流及地下水补给而形成的。气候、地质、生物条件影响湖泊的水质，虽然湖水水质与补给来源的水质有密切关系，但二者化学成分可能相差很远。流入湖泊和从湖泊流出的水量和水质、日照、蒸发强度等因素也影响湖泊水质。若水量较大，蒸发量相对较小，则湖水可保持较低含盐量而成为淡水湖，如鄱阳湖、洞庭湖、太湖等。若流入湖泊的水量较少，且大部或全部被蒸发，那么输入的溶解盐便在湖水中积累起来，形成咸水湖或盐湖。如内蒙雅布赖盐湖，湖水的总含盐量达316.5g/L。
淡水湖泊水中基本离子组成具有内陆淡水特点。水库为人工湖泊，一般为淡水湖，其水质状态与淡水湖泊十分近似。
在湖泊、水库、河口及近海水域常发生水体富营养化现象。天然水体富营养化本来是一种十分缓慢的自然形成过程，是水体衰老的一种现象。但随着工农业生产迅速发展、居住城市化，含有较多氮、磷营养物质的生活污水、工业废水和农田地表径流汇入湖泊、水库、河流河口及近海水域，在水体中积累，尤其是当碳、氮、磷之间达到一定比例时，刺激水体中藻类大量繁殖，在表层水中形成巨大生物量，导致淡水水体中“水华”和海水中“赤潮”的发生，这就是常称的人为富营养化，是一种普遍的水污染。据我国对20个湖泊水的调查〔3〕，有13个处于富营养化，占65%，而且多位于我国东部平原，长江中下游的人口稠密区。
以上阐述了除地下水以外的其它天然水的化学成分特征。地下水化学成分特征要比上述天然水化学成分特征更复杂些，其基本面貌已在《水文地质学》一书中有过介绍，这里不再重复。