根据上述职责，市国土资源局设10个内设机构：
（一）办公室（政务服务科）
负责机关文电、会务、机要、督查督办、安全保密、信息、社会治安综合治理、后勤保障、议案建议及提案办理、目标管理、综合性文稿起草、新闻发布、对外科技交流、技术引进及国土资源科技项目立项、论证和成果推荐等工作。负责政务服务工作。
（二）人事教育科
负责机关和所属单位的机构编制、人事、档案、教育培训、离退休人员管理和服务等工作；负责各县、特区、区国土资源局和所属单位领导班子建设的具体工作；拟定并组织实施国土资源系统人才队伍建设规划。
(三)政策法规科
承担机关有关规范性文件的合法性审核工作，推进国土资源行业依法行政；负责法制宣传教育、普法、来信来访、行政复议、行政应诉、受理、听证等工作。
（四）财务科
负责有关行政事业性收费及专项资金、基金的收缴、核算和监督管理；承担有关专项资金、基金的管理工作和部门预决算、政府采购、国库集中支付有关工作；组织拟定局财务、资产管理制度，负责局机关、各县、特区、区国土资源局及所属单位财务和国有资产的监管工作；承担局机关及未设独立财务的所属单位的财务工作；负责全市国土资源系统内部财务审计工作；负责或配合有关部门开展对各县、特区、区国土资源局及所属单位主要负责人的经济责任和离任审计。
（五）规划和调控监测科
组织拟定全市国土资源发展规划，组织编制国土规划、土地利用总体规划、矿产资源总体规划和地质勘查与矿产开发、地质环境保护、地质灾害防治、地质遗迹保护、基础测绘等有关专项规划、年度计划并监督实施；审核土地利用、矿产资源总体规划和市直各行业主管部门涉及矿产资源开发利用的规划；承办报国务院和省、市人民政府审批的涉及土地、矿产规划的审核工作；负责建设项目用地预审、综合统计和系统专业统计归口管理工作。
（六）耕地保护与建设用地科
监督检查市以下人民政府及国土资源部门贯彻执行耕地特殊保护的法律法规和方针、政策及基本农田保护、耕地占补平衡有关制度落实情况；负责农用地转用、土地征收征用和新增建设用地土地有偿使用费的征收工作；组织实施土地用途管制；承办农用地转用、土地征收的审核、报批工作；承担重点建设项目统一征地的组织、协调和管理工作；组织实施建设项目用地审批后的监督管理；组织指导未利用土地开发、土地整理、土地复垦和耕地开发及监督工作。
（七）地籍管理科
依法管理和监督城乡地籍、土地确权、土地登记发证、建设用地供应、政府土地储备、土地交易、土地开发、节约集约利用等工作；监测土地市场和建设用地利用情况，监督管理地价，规范和监管土地市场；组织开展土地资源调查、地籍调查、变更调查和动态监测工作；调处重大土地权属纠纷；负责国有建设用地使用权出让、转让、租赁、作价出资和土地收购储备、改制企业土地资产处置及农村集体建设用地土地使用权流转管理工作；指导各县、特区、区地籍调查、登记、土地分等定级工作和各类土地登记资料的收集、整理、共享、汇交管理；指导地籍信息系统建设，提供社会查询服务；组织、指导基准地价、标定地价评测工作。
（八）矿产资源管理科
承担地质勘查项目和探矿权转让的审核工作；编制实施采矿权设置方案；承担地质勘查项目和地下水勘查管理工作；组织实施公益性、基础性、战略性地质勘查和地质勘查基金项目的申报、管理工作；监督管理矿产资源勘查活动及探矿权市场；组织实施矿产资源的开发利用、保护、储量管理办法、标准、规程和规范等工作；承担矿区范围划定、采矿权新立、延续、转让和变更登记报批的具体工作；组织拟定采矿权招标、拍卖、挂牌出让计划；承担权限范围内采矿权登记发证工作；调处采矿权纠纷；监督管理矿产资源开采活动、采矿权市场和矿泉水、地热水资源开发利用；组织矿山督查和负责采矿业的统计工作；负责矿产资源开发利用方案备案、储量备案、登记、统计和国家矿产地管理、压覆重要矿产资源管理等工作；实施矿山储量动态监督管理；负责矿业权价款收缴和矿产资源补偿费征收管理；组织编制矿产资源年度和重要矿产品价格信息报告。
（九）地质环境科
组织协调和监督地质灾害防治工作；负责地质灾害危险性评估备案、治理责任认定、项目库建设和项目申报及地质环境保护工作；收集、汇总、报告突发性地质灾害抢险救灾综合信息；参与地质灾害危险性评估与地质灾害治理勘察、设计、监理、施工单位的资质审查；组织认定和指导地质遗迹、矿业遗迹保护区工作；划定与监管古生物化石产地和古生物化石自然保护区，负责地质公园的行业管理工作；依法管理地质勘查和评价工作；组织检测、监督防止地下水过量开采和污染造成的地质环境破坏。
（十）测绘管理科
组织编制全市基础测绘项目计划；负责基础测绘、地籍测绘、行政区域界线测绘等重大测绘项目的实施；管理测绘基准和测量控制系统；管理全市基础地理信息、数据和测绘成果，指导地理信息、社会化服务工作；编制行政区域界线标准样图；承担航空、遥感测绘的报审工作；审核测绘单位、测绘人员资格；受理测绘项目备案；监督管理测绘市场、地理信息市场和地图市场；监督执行国家测绘技术规范和质量管理规定；负责测绘成果资料汇交及其保密的监督检查工作；管理地图编制出版工作，审核地名在地图上的标识；审核对外提供测绘成果和市外组织、个人在境内的测绘事项；组织管理和保护测绘标志。
直属机关党委 负责机关、所属单位的党群工作。其职责由相关科室承担。
纪检监察机构 市纪委派驻市国土资源局纪检组、市监察局派驻市国土资源局监察室。
