长途汽车客运业目前面临的问题有：设施设备陈旧、服务质量低下、安全问题、市场份额下降。
1、设施设备陈旧落后
由于相关政策的限制以及盈利状况不佳等因素的制约，长途客车往往存在使用年限长、更新不及时的问题，在无法满足旅客出行各方面需求的同时，其在运输市场上的吸引力也持续走低。多数汽车客运站建成年代久远，早于大规模城市化进程，因此多位于市区繁华地带，交通状况不佳、预留空间不足及设施设备陈旧等问题与客运站转型升级需求的矛盾凸显，并在“互联网 +”模式下创新程度有限，且因客流下降而普遍遭遇经济危机，发展阻力较大。
2、总体服务质量低下
由于长途汽车客运运输时间长的自身特性，在服务 质量和细致程度上不如城市公交、中短途汽车客运，与高铁、航空等运输方式的站场服务水平及乘务人员素质更是相差甚远。长途汽车客运站在当前组织运行模式下也未将达到旅客最佳出行体验放在第一位，售票、购票、调度等流程信息化程度不足无法满足乘客需求，旅客乘车关于服务体验的投诉已习以为常。
3、安全问题
由于车程远，需连夜赶车，长途汽车客运是交通事故的高发区。我国目前正有意减少长途客运的线路，800公里以上的长途客运线路将不再审批新线路，现有的 800公里以上 的长途客运班线也将严格进行安全风险评估。与此同时，不再审批新的卧铺客车、加快淘汰已进入市场的卧铺客车及严格落实凌晨 2-5 时停车休息制度等措施都将进一步制约长途汽车客运业的发展。
4、市场份额急剧降低
在长距离运输方面，铁路运输经济性高于公路运输。在我国现代综合交通运输体系框架下，我国对高速铁路的大力投入与支持使其发展迅猛并逐步改变人民群众出行方式。高速铁路规划的客运路线均为长途客运中盈利能力较强的路线，相关区域长途客运被大量分流。相较于动车组、客机等新一代高速度运输工具，传统长途客车在时效性、安全性与舒适度方面也不再具有竞争优势。