一、来源不同
1、木薯粉：木薯粉是一种从热带植物的块根中提取的淀粉，这种植物属大槭科，与蓖麻，橡胶，小桐子同科。
2、红薯粉：红薯粉是一道用红薯打成粉后制作成的一道美味家常菜食材。
二、作用不同
1、木薯粉：木薯淀粉可制酒精、果糖、葡萄糖、麦芽糖、味精、啤酒、面包、饼干、虾片、粉丝、酱料以及塑料纤维塑料薄膜、树脂、涂料、胶粘剂等化工产品。
2、红薯粉：红薯富含钾、β－胡萝卜素、叶酸、维生素C和维生素B6；富含β－胡萝卜素(维生素A前体)、维生素C和叶酸；有助于维持人体的正常叶酸水平，体内叶酸含量过低会增加得癌症的风险。红薯中高含量的膳食纤维有促进胃肠蠕动、预防便秘和结肠直肠癌的作用。
三、特点不同
1、木薯粉：木薯淀粉无异味，适用于需精调气味的产品；口味平淡:木薯淀粉无味道、无余味(例如玉米)；木薯原淀粉中支链淀粉与直链淀粉的比率高达80:20，因此具有很高的尖峰粘度。
2、红薯粉：灰色细长条状，晶莹剔透；红薯粉中含有多种人体需要的营养物质。每500克红薯粉约可产热能635千卡，含蛋白质11.5克，另含有维生B1、B2、C与尼克酸、亚油酸等。其中维生素B1、B2的含量分别比大米高6倍和3倍。
参考资料来源：
区别如下：
1、含有元素不同
木薯粉中一般含有氢氰酸，有毒，须经水浸泡后煮熟放能食用；而红薯粉中不含有氢氰酸，可以食用。
2、来源不同
木薯粉：木薯粉是由一种与橡胶同属的槭科植物的块茎经过干制加工成的粉制品，其淀粉含量较高，很多地方称为木薯淀粉。
红薯粉：红薯粉也就是地瓜粉，其来源于我们常见的地瓜，地瓜是薯类植物的一种，这种粉也含有较高的淀粉，属于粗粮的一种。
3、用途不同
木薯粉：在我国木薯粉主要是用来做饲料和食物的添加剂，而在我国台湾地区常用木薯粉制作芋圆，具有很Q的口感。
红薯粉：红薯粉主要是用来制作粉条的，当然也有制作饲料的，其制作的粉条也有一定的弹性，口感比米粉好，香味不如米粉。
4、成分不同
木薯粉：木薯粉除了含有大量的淀粉之外，还含有一种毒素——亚麻仁苦苷，这种成分在食用之后会在胃酸的作用下分家产生氢氰酸，这种酸随人体有毒害作用。
红薯粉：红薯粉没有任何毒素，主要成分是淀粉，在食用之后会使人有一种饱腹感，容易产气，不适合大量食用。
5、口感不同
木薯粉加水遇热煮熟后会呈透明状，口感带有弹性；红薯粉加工成灰色细长条状，晶莹剔透，与粉丝相似。
参考资料：百度百科-木薯粉
参考资料：百度百科-地瓜粉
红薯粉，又称地瓜粉。由红薯加工制成，一般加工成灰色细长条状，晶莹剔透，与粉丝相似。主要含量是淀粉，是粗粮制品，经常食用有利于营养均衡，增进肠道蠕动，有利于通便。本回答被网友采纳
红薯粉，又称地瓜粉。由红薯加工制成，一般加工成灰色细长条状，晶莹剔透，与粉丝相似。主要含量是淀粉，是粗粮制品，经常食用有利于营养均衡，增进肠道蠕动，有利于通便。
两者都是根茎类植物，淀粉含量高，蛋白含量低。不同之处：木薯粉中一般含有氢氰酸，有毒，须经水浸泡后煮熟放能食用；而红薯粉中不含有氢氰酸，可以食用。