根据上述职责，省食品药品监督管理局设16个职能处室。
(一)办公室。
负责文电、会务、机要、档案、督查督办等机关日常运转工作；承担政务公开、安全保密、信访等工作。
(二)综合处。
贯彻落实食品药品安全工作相关方针政策，研究拟订食品安全、药品、医疗器械、化妆品监督管理重大政策；负责重要文稿的起草工作；承担食品药品安全统计工作。
(三)法制处。
起草食品安全、药品、医疗器械、化妆品监督管理的地方性法规、规章草案；承担局机关规范性文件的合法性审核工作；承担相关行政复议、行政应诉工作；制定有关行政许可工作制度并监督实施；管理行政许可受理工作。
(四)食品安全协调督查处。
承担省食品安全委员会办公室日常工作；负责食品安全综合整顿治理，监督重大食品安全事故查处落实；制定全省食品安全监督抽样检验工作计划并组织实施；参与制定食品安全风险监测方案并组织开展相关工作。
(五)食品生产监管处。
承担生产环节食品安全监督管理工作。负责实施和监督食品生产行政许可；组织实施生产环节食品安全监督检查、质量监测工作；组织查处食品生产环节的违法行为，参与相关食品安全事故调查；组织实施不安全食品召回制度；指导小作坊的食品安全监管工作。
(六)食品流通监管处。
承担流通环节食品安全监督管理工作。负责监督食品流通行政许可；组织实施流通环节食品安全监督检查、质量监测工作；组织查处食品流通环节的违法行为，参与相关食品安全事故调查；指导小摊贩的食品安全监管工作。
(七)餐饮服务食品监管处。
承担餐饮服务环节食品安全监督管理工作。负责监督食品餐饮服务行政许可；组织实施餐饮服务环节食品安全监督检查、质量监测工作；组织查处食品餐饮服务环节的违法行为，参与相关食品安全事故调查；指导协调重大活动餐饮食品安全保障工作；指导小餐饮的食品安全监管工作。
(八)保健食品化妆品监管处。
承担保健食品、化妆品监督管理工作。负责实施和监督相关行政许可；组织实施保健食品、化妆品质量管理规范；组织实施保健食品、化妆品监督检查、质量监测工作；承担化妆品强制检验工作；组织查处有关违法行为。
(九)药品注册处。
组织实施药品标准；承担药品、药用辅料、直接接触药品的包装材料和容器注册的审核工作，医疗机构配制制剂的审批工作，药品再注册以及不改变药品内在质量的补充申请审批工作；监督实施药物研究相关质量管理规范；组织实施中药品种保护制度。
(十)药品生产监管处。
承担特殊药品和生产环节药品监督管理工作。负责实施药品生产、医疗机构设立制剂室行政许可；监督实施药品生产质量管理规范；负责药品不良反应监测有关工作；组织查处药品生产环节的违法行为，参与相关药品安全事故调查；组织实施问题药品召回制度；承担放射性药品、麻醉药品、毒性药品、精神药品、药品类易制毒化学品监督管理工作；承担药品出口的有关监管工作。
(十一)药品市场监管处。
承担经营、使用环节药品监督管理工作。负责实施和监督药品经营行政许可；监督实施药品经营、使用质量管理规范和分类管理制度；配合实施国家基本药物制度；制定全省药品监督抽样检验工作计划并组织实施；组织查处药品经营、使用环节的违法行为，参与相关药品安全事故调查；承担药品广告许可、互联网药品信息服务和交易服务的管理工作。
(十二)医疗器械监管处。
承担医疗器械监督管理工作。负责实施和监督医疗器械生产经营行政许可；监督实施医疗器械标准和分类管理制度；承担医疗器械产品的注册工作；监督实施医疗器械相关质量管理规范；承担医疗器械抽样检验和不良事件监测、再评价工作；组织查处有关违法行为；承担医疗器械广告审批工作。
(十三)宣传和应急管理处。
承担食品药品安全科普宣传、新闻、信息发布和应急工作；实施食品药品安全信息统一发布制度；承担食品药品安全应急体系建设有关工作，组织重大食品药品安全事故应急处置和调查处理工作，指导协调市县食品药品安全事件应急处置工作；推进食品药品安全信用体系建设。
(十四)科技和标准处。
组织实施食品药品监督管理科技项目；负责食品药品检验检测体系、电子监管追溯体系和信息化建设有关工作；负责食品药品检验检测机构资质认定，监督实施检验规范；拟订医疗机构制剂标准和中药饮片炮制规范并监督实施；参与拟订并监督实施食品安全、药品、医疗器械、化妆品标准，以及直接接触药品的包装材料和容器产品目录、药用要求、标准。
(十五)人事处(挂对外交流合作处牌子)。
负责局机关和直属单位机构编制、人事管理、外事工作；指导食品药品监督管理人才队伍建设和人员培训工作；负责实施执业药师执业资格制度的有关工作；组织开展对外交流与合作。
(十六)规划财务处。
组织拟订并实施食品药品安全规划；负责食品药品相关专项经费的管理工作；负责局机关财务、国有资产管理工作；指导局直属单位的财务、国有资产管理工作。
离退休干部处。负责局机关离退休人员的管理服务工作，指导局直属单位离退休人员的管理服务工作。
机关党委。负责局机关和直属单位的党群工作，日常工作由人事处承担。
