一、获取序列一般自己通过测序得到一段序列(已知或未知的都可以),通过NCBI的BLAST获取相似性较高的一组序列,下载保存为FASTA格式。用BIOEDIT等软件编辑序列名称,注意PHYLIP在DOS下运行,文件名不能超过10位,超过的会自动截留前面10位。二、多序列比对目前一般应用CLASTAL X进行,注意输出格式选用PHY格式。生成的指导树文件(DND文件)可以直接用TREEVIEW打开编辑,形式上和最终生成的进化树类似,但是注意不是真正的进化树。三、构建进化树1.N-J法建树依次应用PHYLIP软件中的SEQBOOT.EXE、DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE和CONSENSE.EXE打开。具体步骤如下:(1)打开seqboot.exe输入文件名:输入你用CLASTAL X生成的PHY文件(*.phy)。R为bootstrap的次数,一般为1000 (设你输入的值为M,即下两步DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE中的M值也为1000)odd number: (4N+1)(eg: 1、5、9…)改好了y得到outfile(在phylip
文件夹内)改名为2(2)打开Dnadist.EXE输入2修改M值,再按D,然后输入1000(M值)y得到outfile(在phylip文件夹内)改名为3 (3)打开Neighboor.EXE输入3M=1000(M值)按Y得到outfile和outtree(在phylip文件夹内)改outtree为4,outfile改为402(4)打开consense.exe输入4y得到outfile和outtree(在phylip文件夹内)Outfile可以改为*.txt文件,用记事本打开阅读。四、进化树编辑和阅读outtree可改为*.tre文件,直接双击在treeview里看;也可以不改
文件扩展名,直接用treeview、PHYLODRAW、NJPLOT等软件打开编辑。TREEVIEW可以显示BOOTSTRAN值,序列较多(60条以上)的时候打开直接显示有明显的重叠,可以在打印预览中显示,或输出为EMF WMF图片文件看,但是序列较多时BOOTSTRAN值的显示位置比较乱,和序列名称有重叠。PHYLODRAW的编辑功能较强,可以自由调节X、Y轴的长度。输出格式为BMP、PS格式。缺点是不能直接显示BOOTSTRAN值,包括打开TREEVIEW输出的NEX文件,而且输出的BMP文件不全,类似截屏文件,我用PHOTOSHOP进行拼接合成,添加BOOTSTRAN值和注解符号等。据说也可以将PS文件用记事本打开,改变其中的字号,然后通过ADOBE DISTRILLOR将PS转化为PDF,就可以解决问题。如果发现还有重叠,可以再次改变PS文件中的字号大小,直到合适为止。 NJPLOT可以显示BOOTSTRAN值和分值长度。但是不能调节图片X、Y轴的长度。建MP,ML树将Dnadist和Neighboot两步分别改为Dnapars和Dnaml,其余步骤相同。据说ML法序列较多是非常耗时,我没有尝试。因为我的序列较多。也可以用CLASTAL X中的BOOTSTRAN N-J TREE法生成进化树,TREE菜单输出格式选项(OUTPUT FORMAT OPTION)中的BOOTSTRAN LABELS ON 选NODE(节点)。在treeview里,选择tree菜单 ,然后把show internal edge lables 的选项打勾了,直接打开生成的文件bootstrap的值就可以显示出来。 (来自网络)