法律分析：劳动者迟到属于违反劳动纪律，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。公司依法有权对员工的违规行为作出处罚，但前提是公司有处罚依据，并且是合法制定的。所谓的迟到扣钱其实是对工资的扣除，这个是合法的，因为违反了公司的制度，但是劳动法和工资支付暂行规定也规定了公司对于迟到员工的处罚不得超过当月工资的20%，另外扣发完工资后不得低于最低工资标准。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》 第十七条 订立和变更劳动合同，应当遵循平等自愿、协商一致的原则，不得违反法律、行政法规的规定。 劳动合同依法订立即具有法律约束力，当事人必须履行劳动合同规定的义务。