因为刘裕的出身使得他的处理方式比较直接，既然司马家族仍然会对他的地位造成威胁，那就干脆把他们灭族，让他们永无翻身之日。
从刘裕的出身来看，他似乎也有动机屠杀司马家族。要知道刘裕早年是农民出身，比起其他政治家他的政治思维并不高。他的思维比较局限，可能受到了农民阶级的影响，一旦有人威胁自己的皇位，很可能直接采取措施。刘裕带兵打仗，过着刀尖上舔血的生活，早就将生死置之度外了，也不怕杀人。
刘裕是汉室后人，他的皇位比起南北朝的其他皇帝来说要名正言顺一点，就算干出点出格的事情也没什么压力。之前杀个大臣都是暴君，刘裕灭了司马家族，大家还称他为明君，其实还是这层名正言顺的汉室宗亲起了作用。
其实刘裕一开始可能没有想把司马家族灭族，他最先杀了晋安帝，后来将司马德文挟持起来，跟之前曹操的做法一模一样。后来司马德文这个傀儡皇帝被软禁起来，刘裕逼迫司马德文退位，改国号为宋，史称刘宋。真正让他生气的是，司马德文被软禁期间，司马家的忠臣还效忠司马德文，刘裕知道之后大怒。刘裕当上皇帝之后心思变得十分敏感，此时各种势力虎视眈眈，稍不留神皇位就会被夺走，在这种局势下，刘裕做出灭族的决定也是很正常，说到底还是为了王权。
可能是害怕司马懿家族对自己的统治产生威胁，对自己的地位产生威胁，毕竟那时候是乱世，君王过分小心是常事。
刘裕从小就家境不好，比较贫穷，是靠砍柴、卖草鞋来生活的。后来因战乱不断，刘裕于是选择了从军，在军中他靠着自己努力慢慢成为了北府军的将领。之后他通过镇压桓玄之乱、统一南方、北灭南燕、后秦等功绩，积累了不少的军功与威望，从而慢慢的掌握了东晋的实权。
刘裕灭掉司马氏族的原因有两个原因。刘裕自己时日不多，而他的儿子年方十七，还是娇生惯出来的。刘裕害怕他死后自己的儿子不能成事，便灭了司马氏族，永绝后患。朝中大臣和士族门阀大多心念旧主，刘裕便杀光旧主，让他们念无可念。
原因也很简单，将前朝赶尽杀绝，在道义及道德上说不过去，虽然司马家得国不正，但终究是被人夺了天下，现在天道轮回，被刘裕夺了司马家的天下，得天下容易，治天下难，治天下还得靠儒家仁义道德和法家严刑峻法。
当然斩草除根是自古所有皇帝的作风，他们担心余孽会有复辟的一天，因此刘裕便下令诛杀了司马懿的所有后人。
五胡乱华，狼烟四起，司马家族罪孽深重。人类在真正的文明到来以前与野兽的生存法则无区别。为了给自己正名，就必须将障碍除名！司马家被灭族是天地轮回的一个因果报应结局而已。
刘裕之所以会这样一方面是为了防止司马家族死灰复燃另一方面是为了威慑门阀世家。刘裕他是汉朝的正统后裔，但是当时的汉朝在早就已经亡了百年。不过刘裕虽然出身寒门，却靠着自身的实力成为权臣最后登基。但是刘裕成为君王之后竟然还杀害了已经投降了皇族的司马家族。刘裕之所以会这样做有这样几个原因。
第一:司马家族曾经位高权重害怕他们卷土重来。刘裕正是夺了司马家族的天下才能成为君王，所以司马家族的力量不容小觑。虽然此时刘裕已经掌控大局但是也难保司马家族不会卷土重来将自己赶下皇位，所以为了保全自己刘裕选择了斩草除根。
第二:为了威慑一些门阀贵族。司马家族当初之所以能够成为君王也是因为很多门阀贵族的支持，所以刘裕就要接着惩治司马家族的机会给这些门阀贵族一个下马威。这样也能让他们知道如今自己才是真正的主宰者，司马家族已经成为了过去，这些门阀贵族想要活命就必须要臣服于他。
第三:为了得到民心以及打消司马家族的野心。其实司马家族一直都非常有野心对于皇位他们也是势在必得，所以刘裕看出来了这一点自然不会再给他们留下任何机会。不仅如此司马家族到了司马衷这一时期早就不得人心百姓怨声载道。所以刘裕杀了司马家族不仅能够彻底粉粹司马家族的野心也能得到民心，因此刘裕能够很顺利地登基成为君王。