刺马案”讲的是盗匪张汶祥刺杀两江总督马新贻，表面上看虽然只是一个简单的刺杀案件，但更深层次的其实是两方背后阶级势力之间的斗争，慈禧之所以不敢处置真凶，是因为当时慈禧并没有这个能力去铲除张汶祥背后的势力。
当时的情况是这样子的，张汶祥在马新贻阅兵之后回家的路上，他就跳了出来，拦住了马新贻。而当时马新贻也并没有反应过来，他周围的护卫离他也较远，所以就给了张汶祥一个很好的刺杀机会。所以，张汶祥才能够一下子将他杀死。
而且令人诧异的是，张汶祥在刺杀了马新贻之后，他直接站在原地说，我就是凶手，并且大喊三声。关于张汶祥杀马新贻的原因，史书上并没有明确的记载，民间流传的说法也较多。有的人认为他们两个是结拜兄弟，但是因为一些事情产生了矛盾，张汶祥怀恨在心，所以杀死了马新贻。还有一种说法是，张汶祥是太平天国剩下的人，为了报复清朝才制造的动乱杀了马新贻。
还有一种说法是张汶祥背后代表的是曾国藩，而马新贻背后代表的是慈禧太后，说到底是这两种势力之间的斗争。而当时，清朝这属于一个比较衰弱的状态，慈禧太后的统治势力也没有之前那么大，这个时候，慈禧他并没有能力去铲除拥有湘军的曾国藩。所以才有了她不敢处置真凶的说法。
慈禧太后在对于这件案子的处理的状态下是非常暧昧的，她只将这个案件进行刺杀的人就地正法了，但是对于背后的势力却没有去深入追究，所以很多人才对于这个案件疑惑不已。因为对于慈禧太后了解他的脾气是不会像这样子。只是处置了表面的人，而背后的势力却不去揪出来的。
在清朝晚期的时候，慈禧通过多种的手段将中央权力紧紧地攥在手中。并且不断的打击每个地方的势力，但是地方势力还是有发展的趋势。所以说刺杀可能只是一个表面的现象，真正的背地里还是因为对于清王朝的不满。
并且在当时有个被杀的马大人，他虽然不是很出名，但是却出任两江总督手段强硬看电影闹事的人和湘军的残余，就会用较为严厉的手段和方法去镇压，去压制。但是强龙究竟是压不倒地头蛇的，就算这位吗马大人带着慈禧太后的命令，但是终究还是被一些恨他入骨的人在大庭广众下刺死。
但是非常奇怪的是，刺客再次杀完码单，然后不逃窜不反抗，只是很坦然的被抓住了，并且一口咬定说是要杀这位马大人的只有自己一个人，是因为自己的私愤。而太后却也没有就此深究，其实可慈禧也能看出这次的元凶可能是湘军的人所为的。
这就是因为他不想得罪湘军，虽然他自己在清朝中权力是至高无上的，但是他不仅考虑自己的私愤，还有国家的平衡性。所以说他不能将那些用的得力的汉人们寒心，所以就没有继续追查。
太平天国失败后，人们传言曾国藩有野心，其实他的部下早就怂恿他谋取帝位。在与太平军作战时，清廷不得不依重湘军，但是，如今太平军被“荡平”了，慈禧太后能允许曾国藩在江南坐大吗？东南卧着一只虎，她睡觉也不安心。于是她把曾国藩调离江宁，派马新贻任两江总督，迅速裁撤湘军。
江宁是湘军攻下来的，两江一直被湘军视为私地，他们在那里经营了数年，岂能轻易让给马新贻。马新贻几十年来一直没有自己的军队，孑然一身来到江宁，如入龙潭虎穴。马新贻被刺，朝廷心中明白，为了不致激起兵变，动摇清王朝的统治，赶紧调曾国藩回莅江宁坐镇。从此，两江总督宝座长期掌握在湘系手中，其他人不敢问津。
太平天国失败后，湘军的劣根性充分暴露出来，他们比土匪还要凶残，明目张胆地肆疾抢掠。清末施行裁勇改兵制度以后，几万湘军士卒被裁撤，其中不乏将领。这些人并不回乡务农，而是到处游荡掳掠。有些人参加了哥老会，有些人本来就是哥老会成员。湘军裁撤扩大了黑势力，散兵游勇又与黑势力结合，成为社会的一大公害。马新贻在惩治散兵游勇时非常严厉，尤其是他任命以剽悍著称的袁保庆为营务处总管，抓到为害百姓、有非法行为的散兵游勇即就地正法。散兵游勇和黑势力对他恨之入骨。
那个曾给孙衣言透过口风的颜士璋颇有心计，他写了一本《南行日记》，记述了赴宁的全部过程。据他的曾孙颜牧皋说，日记中写道：“刺马案与湘军有关。”“刺马案背后有大人物主使。”
张汶详刺杀马新贻，在警卫森严的督署重地一扑而中。马新贻被刺后，立即有“刺马案”戏文上演，而且正值乡试，安徽学政殷兆镛出试题，竟然寓其讥讽，乔松年也来凑热闹，写了一首歪诗作证，湘军将领给张汶详立碑等等。所有这一切都说明刺马案是一件有计划、有组织的政治谋杀事件。从案件的实施，到舆论的有力配合，以及对审案的精心策划和对结案的精明设计，都说明它出自高人之手。
从整个事件的过程分析，曾国藩极有可能并非“张汶祥刺杀马新贻案”的幕后主使，而是其弟------湘军总督曾国荃，但曾国藩显然知道是其弟和湘军集团所为。然而此案关乎曾氏家族和湘军集团的声誉、威望，也害怕如若揭穿此案可能会牵连出更多的劣迹、更多的人，引发全面崩溃，因此曾国藩不得不曲为遮掩，并想办法消除后患。
在当时，满清已经处于风雨飘摇之际。李鸿章谓之“破屋子只能裱糊一下”，修理就可以搞塌了！慈禧也只能求得眼前安宁罢了！
太后在处理这个案子时，态度很温和。她只是刺杀这个案子的合适人选，但她并没有调查这个人背后明显的权力，所以很多人会对这个案子感到困惑。由于太后以前脾气暴躁，她将彻查这名中央官员的死因。毕竟，打狗要看狗主人，狗主人的力量显然更大。
我们应该知道，在清末，虽然慈禧不仅紧紧握住中央政府手中的权力，而且通过各种手段不断地攻击地方势力，一般来说，地方势力有缓慢上升的趋势。;以曾帅组建的湘军为例，虽然在洪党被除后，为了防止清廷的猜忌和打击，他从自保的角度出发，主动“修剪羽翼”;但不幸的是，曾帅虽然是一个识实务的人，可他的弟弟却不是，据历史记载，曾国荃是一个脾气较为暴躁的人，在他带着自己的军队不顾一切破城杀敌后，在他们通过自己艰辛的努力让这股力量消灭后，换来的不仅没有他们所期望的荣誉，反而却被中央一顿斥责，并在最后瓦解了他们的力量，曾帅能忍，他一定不能忍。也正是因为如此，才有传言说，“刺马案”的背后指使，可能就是此人。
事实上，在马大人踏进南京的那一刻，湘军已经做好了心理准备。然而，这位马大人来到南京后，除了整顿湘军的残暴外，还有一项任务。那是为了帮助太后掠夺湘军的钱财。因为是曾氏兄弟带兵进入南京，当时，洪党“国库”里的财富是一个天文数字，但湘军为物质利益而战时，却远远低于清政府的估计。因此，太后当时怀疑这些地方势力隐藏了洪当的大量金钱和财富。正是有了这样一个固定的疑点，再加上当时天价赔偿和国库空虚的权力，太后不得不派人去寻找这些宝藏。
但可惜的是，强龙毕竟挡不住当地的蛇。即使马大人拿着太后的御剑，他仍然被仇恨他的人刺死。奇怪的是，刺客在杀了马大人之后，既没有逃跑也没有反抗，而是因为个人的愤怒，被人冷静而坚定地抓住要杀他，有一个人是他自己的。后来，杀人犯被太后下令推迟。到目前为止，还没有进一步的调查。
1870年8月22日，两江总督马新贻在办公室门口被张汶祥所杀，在23日身亡，此案引得清政府一片哗然。甚至慈禧也对这件事进行了莫大的关注。
要说“刺马案”动摇了清朝国本，因为这件事牵连到另一个人，曾国藩。因为张汶祥是曾国藩的手下，出身于湘军。当时有人认为，这是曾国藩对慈禧的反击和警告。
慈禧之所以不敢处置真凶，首先是因为找不到证据，张汶祥反复强调是在报私仇，是马新贻先杀他家人。马案发生后，慈禧让魁玉代理两江总督，然后调查马案，可是他在审问张汶祥的时候，张汶祥的口供却反复不定。慈禧又让漕运总督张之万去和魁玉一块审讯，张之万审讯完后，给了慈禧一个答复是——张汶祥刺杀马新贻，完全是因为马新贻剿匪的时候，杀了他很多朋友，害得他的老婆也被抢了，他去找马总督申诉，马总督没不理会他，所以他心怀怨恨，就刺杀了他，这完全是他的个人私仇，与任何人没有关系，没有人指使。
另外，慈禧不敢动真凶还有一个原因就是当时的清政府唯一一个还能打战会打战的的就是曾国藩，曾手拥重兵，对清朝的存亡有着重要的关系。当时，慈禧因为害怕两江生乱，把曾国藩调回任两江总督一职了，没办法呀，曾国藩在江淮经营了这么多年，谁敢不买他的账？
所以，别说“曾国藩是马案背后真凶”只是捕风捉影之事，就算是真的，慈禧也只能睁一只眼，闭一只眼，也只能用实际的好处去安抚曾国藩，又怎么敢去处置曾国藩？