用U盘做PE系统，要选FAT32格式，而不选NTFS格式，这主要是通过两种格式的对比，选择FAT32格式有三大优势的原因：
第一大优势：虽然带PE的U盘用FAT32格式，上传单个文件最大容量在4G，而NTFS格式上传单个文件最大容在2T，FAT32格式不如NTFS格式上传的单个文件容量大，有时会不方便，但是常出现把FTA32转换成NTST以后，不能进PE系统，甚至出现不能读U盘的现象，出现"windows无法完成格式化" 的现象，而用FAT32，就不会出现这样的现象，所以选择FAT32.格式FAT32文件系统更加稳定些，兼容性强。
第二大优势：带PE的 U盘用FAT32格式，能更有效的利用U盘的存储空间，对U盘的读写次数很平稳，安全性能更强，而NTFS虽然有诸多优点，但这些都是针对传统机械硬盘而设计的，对于新兴的Flash闪存材料不一定适用。NTFS分区是采用“日志式”的文件系统，因为要记录磁盘的详细读写操作，对U盘这种快闪存储介质会造成较大的负担，比如同样存取一个文件或目录，在NTFS系统上的读写次数就会比FAT32来得多，理论上NTFS格式的U盘比较容易损坏，而且400MB以下的分区也比FAT32更浪费空间。所以U盘用FAT32更节省空间，更有效的保护U盘。
第三大优势：对于U盘来说，本身USB的读写带宽就有限，NTFS文件系统频繁读写占据通道会让磁盘性能降低，而FAT32读写带宽更平稳，对U盘的读写速度影响很少。所以选择FAT32读取更快，更稳。
总结以上三点，所以用U盘做PE系统选择FTA32更稳定，兼容性更强，读取速度更快,而不选择NTFS.
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