过敏反应：对于一种食物过敏的人，有时还会对一种以前他们不过敏的食物产生过敏，比如：将玉米的某一段基因加入到核桃、小麦和贝类动物的基因中，过敏源也随基因加了进去而产生各种过敏反应。
营养问题：外来基因可能会以一种人们还不甚了解的方式破坏食物中的营养成分。
对抗生素的抵药：把一个外来基因加入到植物或细菌中去，这个基因会与别的基因连接在一起。人们在服用了这种改良食物后，食物会在人体内将抗药性基因传给致病的细菌，使人体产生抗药性。
对环境的威胁：在许多基因改良品种中包含有从杆菌中提取出来的细菌基因，这种基因会产生一种对昆虫和害虫有毒的蛋白质。在一次实验室研究中，一种蝴蝶的幼虫在吃了含杆菌基因的马利筋属植物的花粉之后，产生了死亡或不正常发育的现象，这引起了生态学家们的担心，那些不在改良范围之内的其它物种有可能成为改良物种的受害者。
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