1、位置不同
南京东站位于江苏省南京市栖霞区，是中国铁路上海局集团有限公司管辖的特等站。
南京长途汽车东站位于南京市玄武区花园路17号，隶属于南京长途汽车客运集团有限责任公司，是多功能公用型一级客运站。
2、修建时间不同
南京东站始建于1908年，是国家十五大铁路路网性编组站、国家铁路特等站。
南京长途汽车站始建于1989年，占地总面积50000平方米，北接312国道，西与南京火车站相距2.5公里，交通便利。
3、用途不同
南京东站是华东地区最大的复线电气化铁路驼峰编组站、货运站、枢纽站，中国日办万辆以上的特大铁路编组站之一，被誉为华东地区最大的铁路列车加工厂。
南京长途东站经营线路近140条，主要担负江苏省苏南、扬州、泰州地区和浙江、福建、广东、河北、江西、湖南、皖南等7省地区的长途客运任务。辐射江苏、浙江、福建、江西、河南、河北、安徽、广东等省近百余个市县。
在营班车有现代、大宇、沃尔沃、凯思鲍尔、金龙、宇通等各类高中档车型。日发班次500余班，日均发送旅客1.5万人，高峰时旅客出口量可达6万人。
参考资料来源：
参考资料来源：