第六章法律责任明确规定了司法行政机关在行政许可实施与监督过程中的责任和处理方式。
首先，第三十条阐述了上级机关对下级机关违规设定行政许可的管理。一旦发现此类情况，上级机关有权要求下级限时改正，并在限定期限内提交改正报告。如果下级未改正，上级有权依法撤销其不当设定的行政许可。
针对机关内部问题，第三十一条规定了对本机关或下级机关工作人员违规行为的处理。无论是内部机构还是上级发现工作人员违反《行政许可法》的相关规定，将依据情节轻重，由本机关、上级机关或提请监察机关进行改正，并可能给予行政处分，严重者将追究刑事责任。
第三十二条强调了司法行政机关在违法实施行政许可导致损害时的责任。如果合法权益受到损害，必须依据《国家赔偿法》给予赔偿，而对有故意或重大过失的工作人员，可能需要承担部分或全部赔偿费用。
在处理违规行为方面，第三十三条规定了对行政许可申请人和被许可人违反《行政许可法》相关条款的行为，司法行政机关需依法进行处理。
最后，第三十四条规定了对未获许可而擅自从事相关活动的公民、法人或其他组织，司法行政机关将采取制止措施，给予行政处罚，必要时会提请相关机关进行进一步处理。
《司法行政机关行政许可实施与监督工作规则（试行）》已经 于2004年6月29日司法部部务会议审议通过，现予发布，自发布之日起施行。由司法部部长张福森签署。