T4DNA连接酶也能催化限制性内切酶切割产生DNA平末端的连接。如果目的序列和载体上没有相同的限制性内切酶位点可供利用，用不同的限制性内切酶切割后的粘性末端不能互补结合。
则可用适当的酶将DNA突出的末端削平或补齐成平末端，再用T4DNA连接酶连接，但平末端连接要比粘性末端连接的效率低得多。
在分子生物学的研究中，DNA末端的连接是一极为常用的基本操作，可分为粘末端和平末端连接，
粘末端连接效率相对较高，平末端的连接效率一般非常低， 但平末端连接具有普适性，被广泛地用于将外源DNA片段的相互连接当中。
扩展资料：
提高平末端连接效率的措施
1、提高T4DNA连接酶的浓度；
2、提高DNA片段的浓度；
3、降低ATP浓度，以增强连接物与DNA结合；
4、加入多胺化合物，如亚精胺，降低DNA的静电排斥力；
5、加浓缩剂，如大分子排阻物聚乙二醇（PEG）、强水化物三氯化六氨钴等。
6、通常为了提高平末端的连接效率，实验者可以采用反应混合物具有低浓度(0.5mol/l)的ATP、不存在亚精胺一类的多胺、极高浓度的连接酶(50Weiss单位/ml)、高浓度的平末端、加入凝聚剂等方法，但对于极其稀有的基因来说，这些方法都不适用。
参考资料：百度百科-平末端
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