户口不在一起，想证明是亲生父子关系，方法有：
最有效、最直接的办法是：子女和父、母一起做亲子鉴定，合法鉴定机构的鉴定结论是最权威的证明。
还可以子女的出生证明来证明：出生证明上一般都填写有父母、子女的姓名、年龄、性别等，而且是医院在子女出生的当时发给，证明力也较强。
如果不是在医院出生、没有出生证明，可以找当时接生的产婆、子女和父母居住地的村委会或居委会、知情邻居给作证，不过，证人最好是无利害关系人、最好有2人以上。
进行登报挂失申明，以避免户口被他人盗用做坏事后由你来承担法律责任。
到户主的户籍所在地辖区居民委员会或村民委员会开具辖属居民证明。
持个人和家庭其他成员的身份证、登报挂失申明（登载申明的报纸）与地辖区居民委员会或村民委员会开具辖属居民证明到户籍所在地辖区派出所补办即可。