一、从旗舰店、专卖店与专营店三者的定义上来看，区别主要有：
旗舰店：是商家以企业自有品牌入驻淘宝商城，所开设的店铺称为该品牌的“官方旗舰店”。
专卖店：企业持正规品牌授权书，在淘宝商城开设该品牌的店铺，称为“品牌专卖店”。
专营店：企业在淘宝商城同一级类目下经营多个(至少两个)品牌，此类店铺称为“专营店”。
二、在经营主体上的区别是：
旗舰店：自有品牌企业(品牌须为申请开店的企业所有或企业法定代表人所有)。
专卖店：取得该品牌所有者或公司正式授权的企业法人。
专营店：在中国大陆注册的企业法人。
三、在经营范围上的区别：
旗舰店：同一品牌、同一个一级类目下的所有产品。
专卖店：授权品牌下同一级类目内的所有产品。
专营店则没有明确规定。
四、品牌资质上的区别
旗舰店：国家商标总局颁发的商标注册证或商标受理通知书，也就是说要要注册商标。
专卖店：品牌所有者出具的国家商标总局颁发的商标注册证，申请开店企业提供的品牌所有者出具的正规授权书，授权书需无地域限制，且授权有效期不得早于2015年12月31日。品牌所有者若为个人，则需同时提供身份证复印件并在授权书上签字。
专营店：自有品牌和他人品牌。
参考资料来源：
旗舰店是最大牌的店，需要这个品牌的实际控制人或者机构才有权限这个店，比如苹果旗舰店，另外还有卖场型旗舰店，比如苏宁易购旗舰店等。在这种旗舰店购物跟他们的官网购买基本是一样的。
专营店和专卖店，他们其实都是拥有这个品牌授权的代理公司，不同的在于，专营店一般卖好几个品牌的东西，拥有好几个授权;而专卖店一般只有一个品牌的授权，或者是几个品牌归属于同一家公司。
入驻旗舰店、专卖店、专营店步骤：
1、申请路径——进入天猫商家界面，点击【招商页面】-【立即入驻】。
阅读了解入驻流程，确认入驻须知，然后点击“立即入驻”继续申请。
2、进行入驻资料提交
第一步：
一、选择店铺类型/品牌/类目
根据您申请经营的情况，选择店铺类型、填写品牌名称。。
如您申请经营专营店，需至少提交2个品牌。
1、选择申请的经营大类及类目，请点击“选择类目”按钮，选好经营的类目后点击“确认”。
2、请您确认是否已符合基本入驻要求，若未能符合，则提交后可能会被小二审核拒绝。
二、填写品牌信息
1、根据实际情况填写品牌信息，请注意左侧的选项卡，每个选项卡下内容均需填写完整。如该选项卡内容未填写完整，标签会显示“待填写”，填写完成后将显示“已填写”。
2、每个选项卡下内容填写完成后，请点击“保存品牌信息”。
3、全部填写完成后，点击“下一步”。
三、填写企业信息
根据实际情况填写企业信息，填写完成后，点击“下一步”。
四、店铺命名
选择填写店铺名称中展现的关键词，并点击“选择店铺名”右侧的下拉框选择店铺名称以及店铺域名，也可以在“店铺命名建议”中填写期望的店铺名称。选择完成后，点击“下一步”。（店铺名称必须符合《天猫店铺命名规范》）
五、提交审核
请您再次确认填写的信息是否正确，如需修改，可点击“返回修改”，返回填写页面修改信息。如信息无误，无需修改，可点击“确认无误提交”，提交申请资料给天猫。
商家等待审核（7天)：申请资料提交成功后，请耐心等待小二审核。
品牌评估
1、如申请经营的品牌不在天猫招商品牌池内，需先通过品牌评估。品牌评估期间如资料不符合要求，需要您补充修改，系统会以邮件和短信的方式通知您登录申请账号查看修改。您登录本页面后，点击“前往修改”，可按照提示完成修改并提交。
2、如您提交的品牌未能通过评估，此次申请将失效，您可以更换品牌再次提交申请。
3、品牌评估通过后，您可以点击“开始资质审核”，进入资质审核阶段。（注意：当看到“开始资质审核”按钮的时候，请点击此按钮继续申请流程，否则流程将无法继续。）
六、资质审核
1、资质审核阶段分为初审和复审，审核期间如资料不符合要求，需要您补充修改，系统会以邮件和短信的方式通知您登录申请账号查看修改。您登录本页面后，点击“前往修改”，可按照提示完成修改并提交。（注意：一次申请，须在15天内操作修改并重新提交，逾期此次申请将失效）
2、资质审核期间，您可以在页面下方查看目前的审核状态，以及预计完成的时间。
3、初审、复审均审核通过后，恭喜您，您的入驻申请已通过审核，您可以继续完善店铺信息、发布商品、操作店铺上线.
七、完善店铺信息
激活商家账号并登陆：请您设置密码、填写联系人手机、填写邮箱，填写企业支付宝账号，填写完成后点击“激活账号”，激活您的商家账号。
八、完成开店前相关任务
1、激活账号后，请登记您的商家账号，完成开店前相关任务。您可以点击“前去完成”按钮前往相关页面进行操作，操作完成后可以点击“刷新状态”查看进度。
2、 此项任务已完成后，任务后面会显示“已完成”。
3、锁定保证金/缴纳年费：签署协议完成后，您可以点击“马上锁定/缴纳”进行锁定保证金/缴纳年费的操作。
九、店铺上线
十、发布商品
旗舰店、专营店和专卖店之间的区别如下：
1.旗舰店是一个商标授权申请的，专营店是两个及两个以上商标授权申请的，专卖店是一个商标授权申请的；
2.旗舰店和专卖店保证金是5万，专营店是10万；
3.命名规则：旗舰店（商标+旗舰店），专营店(公司名字+专营店），专卖店（商标+公司名字+专卖店）；
4.旗舰店、专营店和专卖店都可以自带商标，也可以授权商标，旗舰店为独占授权；
5.专营店和专卖店 分为三种：1.带商标转让， 2.不带商标只可授权销售，3.不带商标可授权销售并且生产（俗称贴牌）；
6.贴牌的意思：XX品牌授权XX公司，销售并且生产XX商标产品，叫做贴牌，生产出来的产品贴上该商标即可出售；
7.不能贴牌的意思：XX品牌授权XX公司，享有销售XX商标产品的权利，没有生产权，只能从厂家进货销售；
8.专卖店和专营店 每年续签需要提供品牌授权才可续签；
买家可根据自身经营方式选择合适的店铺，有不清楚的地方可以随意咨询舞泡在线客服了解，我们很乐意为您解答疑问。
专营店定义：指占地800平方英尺以下，主要集中经营有限量的几种互补商品并提供高水准的服务的零售商。
旗舰店一词来自欧美大城市的品牌中心店的名称，其实就是城市中心店或地区中心店，一般是某商家或某品牌在某地区繁华地段、规模最大、同类产品最全、装修最豪华的商店，通常只经营一类比较成系列的产品或某一品牌的产品，比较常见的有化妆品品牌旗舰店、服装品牌旗舰店、眼镜旗舰店、家具品牌旗舰店等，最近经营IT通讯产品的旗舰店也有所增多。旗舰店已经越来越流行，也为应用写作所关注。
专营店则通常使用于后者，即是指该店对某一特定范围或类别商品的经营业务，如：“某产品珠海专营店”“烟酒专营店”“家电专营店”“电动工具专营店”。
专卖店（Exclusive Shop）是专门经营或授权经营某一主要品牌商品（制造商品牌和中间商品牌）为主的零售业态。
专营店，一般是指专门经营某一类或者某一种品牌商品的商店，它实际上包括了国家行业标准中的专业店、专营专营店店和家居建材商店。
旗舰店一词来自欧美大城市的品牌中心店的名称，其实就是城市中心店或地区中心店，一般是某商家或某品牌在某地区繁华地段、规模最大、同类产品最全、装修最豪华的商店，通常只经营一类比较成系列的产品或某一品牌的产品，比较常见的有化妆品品牌旗舰店、服装品牌旗舰店、眼镜旗舰店、家具品牌旗舰店等，最近经营IT通讯产品的旗舰店也有所增多。