发酵是指复杂的有机物在微生物作用下分解。
一、广义
利用生物体（包括微生物、植物细胞、酵母菌等）的代谢功能，使有机物分解的生物化学反应过程。比如酿酒、酿醋、面团的发酵、沼气的产生、垃圾的腐败等。
二、狭义概念
微生物通过无氧氧化将糖类转变成乙醇的过程。发酵分为有氧发酵和无氧（厌氧）发酵。比如：酒是在无氧条件下发酵的,醋则是在有氧条件下发酵的。
发酵工程的三个阶段及类型
一、三个阶段
1、生长发酵阶段
在培养基中添加适当的营养成分，使微生物进行菌落生长，进行基础代谢，准备进行后续的发酵过程。该阶段是微生物菌群的生长和营养代谢期，此时产物的产生很少。
2、高产发酵阶段
在生长发酵的基础上，通过调整培养条件（如pH，温度，气体含量等）来激发微生物代谢产生产物。该阶段是微生物进入稳态期，生产出所需产物的高峰期。此时需要控制发酵条件，促进产物的合成和积累。
3、产物制备阶段
通过各种分离、纯化、浓缩等方法，将发酵过程产生的产物获得。产物制备阶段如何进行，由产物性质和应用要求决定。该阶段的关键在于高效分离纯化产物，并使其符合质量要求和应用需求。
二、类型
1、 好氧发酵
好氧微生物在与空气（氧气）接触的条件下生长、繁殖，氧化有机物或无 机物的产能代谢过程。专性好氧微生物把氧作为最终电子受体，通过有氧呼吸获取能量。向微生物提供充足的氧气，在发酵过程中需提供大量新鲜空气并搅拌。
2、厌氧发酵
在隔绝空气的条件下，兼性微生物和专性厌氧微生物生长并进行生物化学作用，对物质进行生化降解的过程。例如，梭状芽孢杆菌引起的丙酮、丁醇发酵，沼气发酵等。对于专性厌氧微生物，氧对其有毒性作用。
3、兼性厌氧发酵
利用兼性厌氧微生物进行的发酵。兼性厌氧微生物是指既可在有氧环境，又可在无氧环境中生活的微生物。
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