南京的本科大学有南京大学、东南大学、南京航空航天大学。
1、南京大学
南京大学，位于江苏省南京市，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，位列国家“双一流”“985工程”“211工程”重点建设高校，入选“珠峰计划”“强基计划”“111计划”“2011计划”。
南京大学拥有仙林、鼓楼、浦口、苏州四个校区。学校设有33个院系，“双一流”建设学科16个，博士学位授权一级学科点42个，博士学位授权二级学科点（不含一级学科覆盖点）1个，专业博士学位授权点5个，硕士学位授权一级学科点4个，专业硕士学位授权点28个，本科专业89个。
2、东南大学
东南大学坐落于江苏省南京市，是中国教育部直属全国重点大学，由教育部与江苏省共建，是一所以工科为主要特色的综合性、研究型大学，属国家“双一流”建设高校、“985工程”“211工程”重点建设高校，入选“强基计划”、“2011计划”、“111计划”。
学校建有南京四牌楼校区、九龙湖校区、丁家桥校区、无锡校区和苏州校区等五个校区，占地面积5888亩，建筑面积约78.97万平方米。学校有12个国家“双一流”建设学科；3个国家重点实验室，1个国家工程研究中心；33个博士后科研流动站。
3、南京航空航天大学
南京航空航天大学坐落于江苏省南京市，是中华人民共和国工业和信息化部直属的一所具有航空航天民航特色、以理工类为主的综合性全国重点大学，是国家“双一流”“211工程”“985工程优势学科创新平台”重点建设高校。
学校共有明故宫、将军路、天目湖三个校区，占地面积3046亩，建筑面积189.3万平方米。学校设有18个学院和192个科研机构；本科专业62个、硕士一级学科授权点31个、博士一级学科授权点17个、博士专业学位授权类别3个、硕士专业学位授权类别16个、博士后流动站17个。