代垫运费的增值税由销货方将此笔运费垫付给承运部门。
代垫运费，指本该由购货方承担的运费，由于承运人不便到购货方收款，而由销售方代购货方垫付给承运部门，然后向购买方收回代垫款项。销售方发生的代垫运费，其实际付款者是购货方。销货方只是按照合同的约定，受购买方的委托，代购买方将其购买的货物委托承运部门运输到指定地点，代为垫付运输费用或代为办理托运手续并垫付运输费用，然后将垫付款向购买方收回。实际发生的垫付款项金额是预先不能明确的，只有在委托承运部门运输时，才由承运部门依其承运价格及其他条件（重量或体积等）计算收取此笔运费，经购货方确认同意或约定授权由销货方视情况确定此笔运费金额后，由销货方将此笔运费垫付给承运部门。
增值税的应税收入为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用。所称价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。
代垫运费是代垫款项的一种，属于价外费用范畴。只有同时符合“承运部门的运费发票开具给购买方和纳税人将该项发票转交给购买方”两个条件的代垫运费，才不包括在货物销售的“价外费用”之中。
《营业税改征增值税试点实施办法》
第十二条 增值税税率：
（一）提供有形动产租赁服务，税率为17%；
（二）提供交通运输业服务、邮政业服务，税率为11%；
（三）提供现代服务业服务（有形动产租赁服务除外），税率为6%。