1、加班迟到扣钱不合法，加班费按实际加班的小时数计算工资，而不应当另外苛扣工资，建议向劳动监察部门投诉；
2、法律依据：《中华人民共和国劳动法》 第四十四条 【延长工时的报酬支付】有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
追问加班按基本工资的1.5倍发了，但是迟到扣的钱比加班给的钱还多，是这个问题