法律依据一：《劳动合同法》第二十三条规定：用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
根据该条规定，《劳动合同法》仅规定了竞业限制才能约定违约金，或者在保密协议中约定竞业限制条款才可以约定违约金，而对于保密协议，劳动合同法仅规定可以“约定保守用人单位商业秘密和知识产权相关的保密事项”，并未明文规定可以约定违约金。
法律依据二：《劳动合同法》第二十五条规定：除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
根据该规定，其立法本意应该是排除性规定，而且该规定在在性质上应属于禁止性规定条款，逻辑上应该是一个强调性条款，是在禁止除二十二条提供专业技术培训前提下的服务期协议约定违约金、竞业限制条款前提下签订保密协议约定违约金两种情形外，其他一律不得设定违约金，也即禁止保密协议未约定竞业限制条款的情形下约定违约金。
当然，二十五条规定的第二十三条规定的情形，是否包含保密协议呢？很多律师也认为理所当然地包括，持该观点的律师认为，如果不包括保密协议，那用人单位与劳动者签订保密协议没有任何意义。员工对用人单位的保密义务，是法定的保密义务，即对于知晓的商业秘密，无论是否签订保密协议，都应当履行保密义务。可见，在是否保密这一环节上，签不签保密协议并无多大意义。那么，签订保密协议的功能在哪里？在于违约责任这一环节的约定。因为员工违反保密义务，给用人单位造成损失了，可以追究损失赔偿责任，但损失如何举证证明呢？很难！可如果有明确违约金的约定则可以很方便的实现赔偿的目的。因而签订保密协议的功能也在于此。如果《劳动合同法》明确排除了保密协议约定违约金的情形，那么签保密协议还有何意义呢？
个人认为，保密协议在《劳动合同法》下并非毫无意义。《保密协议》的签订，即使该协议未约定竞业限制条款，其也可以作为用人单位采取了相应的保密措施的证据之一，而且协议可以明确界定相关的保密具体内容，与用人单位的其他保密制度结合在一起，构成一个整体的商业秘密保护体系，在劳动者泄露商业秘密时，用人单位可以提供这些证据用以证明其采取了完善的保密措施，并且以书面形式告知了劳动者法定保密义务。而且，从该法二十三条措辞上看“用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，……劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。”“或者保密协议中与劳动者约定竞业限制……”足以说明，劳动合同法下，该法采用竞业限制条款约定在保密协议之中的一种表达，而并没有采用我们通常所称的竞业限制协议来约定竞业限制条款。因此，《劳动合同法》下的保密协议不是没有任何意义的，他是与竞业限制结合在一起的一种制度。
综上，个人认为，保密协议是否可以约定违约金，我们需要一分为二地分析，如果保密协议中约定了竞业限制条款，则可以约定违约金；如果未约定竞业限制条款，则不能约定违约金，用人单位仅能通过侵权法上侵权之诉追究劳动者因违反保密义务给用人单位造成的损失。
因此，个人认为，未约定竞业限制条款的保密协议不能约定违约金。
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