工厂自离有工资。只要工作了就有工资，即使是自离的，用人单位也应当支付其工资的，如果用人单位拒绝支付其工资的，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报或者申请劳动仲裁。但擅自离职给用人单位造成损失的，应该承担赔偿责任。
《工资支付暂行规定》第七条 工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。 《工资支付暂行规定》第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。 《工资支付暂行规定》第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。