不合法，劳动者迟到属于违反劳动纪律，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。公司依法有权对员工的违规行为作出处罚，但前提是公司有处罚依据，并且是合法制定的。因此，罚款是否合法，一看公司是否有相关规章制度规定二看规章制度是否合法。如果公司没有相关规章制度规定，作出处罚是没有依据的，是违法的。但严格的讲公司对于迟到不是罚款，罚款是行政处罚的一种，必须有行政立法机关进行立法规定。因为公司不是行政执法机关，没有罚款权限。所谓的罚款其实是对工资的扣除，这个是合法的，因为你违反了公司的制度，但是劳动法和工资支付暂行规定也规定了公司对于迟到员工的处罚不得超过当月工资的20%，另外扣发完工资后不得低于最低工资标准。但是在员工无正当理由迟到，因为迟到导致用人单位经济损失的，此时，用人单位就可以对员工的工资进行惩罚性的扣除，除此之外，劳动者还应当赔偿损失，用人单位也可以与劳动者解除劳动合同。劳动合同，又称劳动契约、劳动协议。劳动合同是调整劳动关系的基本法律形式，也是确立劳动者与用人单位劳动关系的基本前提，在劳动法中占据核心的地位。
凡是具有劳动能力，以从事劳动获取合法收入作为生活资料来源的公民都可称为劳动者。不同的学科对于劳动者这一概念具有不同的界定，而且在不同的社会制度和社会体制下，关于劳动者概念的理解也各不相同。
法律规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者(包括试用期员工)及时足额支付劳动报酬。
法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》
第四条用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
《中华人民共和国劳动法》
第九十一条用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
第四十六条 工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。
工资水平在经济发展的基础上逐步提高。国家对工资总量实行宏观调控。
第四十七条 用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。
第四十八条 国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，报国务院备案。
用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
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