违法。劳动者在公司辞职，而且按公司规定，办理离职手续和工作交接，但公司克扣工资，那么违反劳动合同法规定，劳动者可以反映到劳动局解决，申请赔偿。
提成工资制即将企业盈利按照一定的比例在企业和员工之间分成的方式，这种方式具有一定的激励性。实行提成制首先要确定合适的提成指标，一般是按照业务量或销售额提成，即多卖多得。
根据《劳动合同法实施条例》第二十七条规定：劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。故应当是应发工资
劳动者的以下劳动收入不列入经济补偿金基数的范围：
（1）劳动保护费用，如工作服、解毒剂、清凉饮料费用等；
（2）按规定未列入工资总额的各种劳动报酬及其他劳动收入，如创造发明奖、国家星火奖、自然科学奖、科学技术进步奖、合理化建议和技术改进奖、中华技能大奖等，以及稿费、讲课费、翻译费等。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。企业必须在员工离职后十五日内办理解除劳动关系证明书及社保转移手续。未办理的，造成员工损失的，企业承担法律责任。
第九十一条：用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
(四)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
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