员工迟到罚款是否合法，需要根据具体情况分析：
1、如果公司没有相关规章制度规定，作出处罚是没有依据的，是违法的；
2、严格的讲公司对于迟到不是罚款，罚款是行政处罚的一种，必须有行政立法机关进行立法规定。因为公司不是行政执法机关，没有罚款权限。所谓的罚款其实是对工资的扣除，这个是合法的；
3、扣除劳动者本人的工资，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
劳动法有规定，在职的员工如果没有偷懒、罢工的情况，用人单位是没有扣除职工工资的权利。如果是因为职工自己的迟到，导致工作不能按时进行，给用人单位造成了经济上的损失，并且损失是比较大的，用人单位可以要求职工赔偿损失。但工资被扣除后，不能低于最低的工资标准，这也保障了职工的基本生活。
以下行为不可以无故扣除员工的工资：
1、员工没有按时完成工作量：在一些工作量比较大的用人单位，都会喜欢给员工制定每天需要完成的工作量，如果当天没有按时完成，就会扣除一些员工的工资；有些用人单位通过扣款的方式，以为可以提高员工的工作量，但其实安排的工作量已经远远超出了员工可以完成的范围，这对员工来说非常不合理。
2、员工因为一些自己不能控制的原因迟到：在上班的时候，塞车是正常的现象，但如果是因为下大雨、水灾、车祸等原因造成员工不能按时上班的，不可以扣工资；如果是因为员工自己的原因不能按时上班下班的，用人单位可以适当扣工资，比如，没有完成工作就提前下班、早上懒床导致自己迟到等、没有正当的理由就不去上班等；
3、女职工请产假：职工在怀孕的时候经常需要去医院检查身体，这时候不能以经常请假为理由扣工资，职工怀孕是享有产假待遇的，谁也不能剥夺这种权利；
4、用人单位要求员工捐赠：有些单位会跟外面的爱心机构、捐血机构等有一些业务合作，为了能够维持业务往来。会要求员工捐钱、捐血，没有跟员工商量过，用人单位就直接从工资扣钱，甚至是员工根本就不知道有捐赠这回事，这对员工来说非常不公平。
5、没有“服从”上级的安排：这里指有些领导在不属于工作时间的范围内叫员工为自己做事，利用自己的职位在生活中使唤员工为自己做事，如果员工不服从，就以不服从领导安排为理由克扣员工工资，这在法律上是不合法的。
6.还有很多不可以克扣工资的行为没有说到，这里只是常见的情形，有些用人单位比较苛刻的，也许会有不一样的克扣工资方式。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》
第三条 劳动者享有平等就业和选择职业的权利、取得劳动报酬的权利、休息休假的权利、获得劳动安全卫生保护的权利、接受职业技能培训的权利、享受社会保险和福利的权利、提请劳动争议处理的权利以及法律规定的其他劳动权利。
劳动者应当完成劳动任务，提高职业技能，执行劳动安全卫生规程，遵守劳动纪律和职业道德。
《中华人民共和国工资支付暂行规定》
第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。
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